a) Kanun metninde yer alan "herhangi bir kısıtlamaya tabi tutulmaksızın öncelik ve ivedilikle ve ödeme emri beklenilmeksizin ödenir." hükmü, ödeneklerin kanunlar çerçevesinde tahsisini ve harcanmasını öngören bütçe prensibine aykırı olmakta, bütçe disiplinini de bozmaktadır. Madde ile diğer tüm ödemelerde olduğu gibi, hastane ödemelerinde de ödeneksiz harcama yapılması imkanı ortadan kaldırılmaktadır.
b) 7.5.2004 tarihli ve 5170 sayılı Türkiye Cumhuriyeti Anayasasının Bazı Maddelerinin Değiştirilmesi Hakkında Kanunun 9 uncu maddesiyle, Devlet Güvenlik Mahkemelerinin kuruluş dayanağını oluşturan Anayasanın 143 üncü maddesi yürürlükten kaldırıldığından, 16.6.2004 tarihli ve 5-190 sayılı Ceza Muhakemeleri Usulü Kanununda Değişiklik Yapılması ve Devlet Güvenlik Mahkemelerinin Kaldırılmasına Dair Kanunla Devlet Güvenlik Mahkemeleri kaldırılmış olup, bu düzenlemeye paralel olarak 375 sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin 31 inci maddesinin birinci fıkrasında yer alan "Devlet Güvenlik ve" ibaresinin yürürlükten kaldırılmasının uygun olacağı düşünülmektedir.
c) Bilindiği üzere, 4572 sayılı Tarım Satış Kooperatif ve Birlikleri Hakkında Kanun 16.6.2000 tarihinde yürürlüğe girmiştir. Anılan Kanunun l inci maddesinde, tarım satış kooperatif ve birliklerinin yeniden yapılanması için yasal bir çerçeve oluşturarak bu kuruluşları etkin ve sürdürülebilir bir şekilde özerk ve mali yönden bağımsız kılmak Kanunun amaçları arasında sayılmış; geçici l inci maddesinin (D) fıkrasında, kooperatif ve birliklerin yeniden yapılandırılması, ekonomik etkinlik ve verimlilik ilkeleri çerçevesinde faaliyetlerini sürdürebilir bir yapıya kavuşturulabilmesi ve bu amaçla alınması gereken tedbirlerin belirlenmesi konularında çalışma, inceleme ve önerilerde bulunmak üzere Yeniden Yapılandırma Kurulunun oluşturulacağı hüküm altına alınmış ve Kurulun görev süresi "kurul üyelerinin atanmalarına ilişkin Bakanlar Kurulu Kararının Resmi Gazetede yayımlandığı tarihten itibaren en çok dört yıl" olarak belirlenmiştir.
Kooperatif ve birliklerin yeniden yapılandırılması bileşenini de içeren Tarım Reformu Uygulama Projesi faaliyetlerinin finansmanı için Dünya Bankasından sağlanan krediye ilişkin 4631-TU sayılı İkraz Anlaşması ise 13.7.2001 tarihinde yürürlüğe girmiştir. Ayrıca, Anlaşmanın 2 nci maddesinde, kredinin kapanış tarihi 31.12.2005 olarak belirlenmiş olup bu tarihin uzatılması, buna bağlı olarak kooperatif ve birliklere ilişkin yeniden yapılandırma sürecinin de uzaması söz konusudur.
4572 sayılı Kanunun anılan hükmü çerçevesinde Yeniden Yapılandırma Kurulunun görev süresi 6.1.2005 tarihinde dolacak olup, bütçesi İkrazdan karşılanan kooperatif ve birliklere ilişkin yeniden yapılandırma faaliyetlerine ise devam olunacaktır.
İkraz Anlaşmasının 4572 sayılı Kanundan bir yıl sonra yürürlüğe girmesi, ayrıca kredinin kapanış tarihinin bir yıl ertelenecek olması kooperatif ve birliklere ilişkin yeniden yapılandırma sürecini yürüten Yeniden Yapılandırma Kurulunun görev süresi ile kredinin kapanış tarihinin birbirinden farklı olmasına sebebiyet vermiş; bu bağlamda, Kurulun görev süresini düzenleyen söz konusu fıkranın madde metninden çıkartılması ihtiyacı hasıl olmuştur.
d) 383 sayılı KHK'nin 10 uncu maddesinin (e) bendinde "Bölgede her ölçekteki planlarla günübirlik alan olarak ilan edilen özel mülkiyet dışındaki alanların ve kumsalların irtifak hakkı Başkanlığa geçer.
Başkanlık bu yerleri işletir veya işletilmesini sağlar." hükmü yer almaktadır. Düzenleme ile 3621 sayılı Kıyı Kanunu gereğince özel mülkiyet konusu olması mümkün olmayan kıyı alanları ile özel mülkiyet dışındaki (Devletin hüküm ve tasarrufu altındaki yerler) diğer alanların irtifak hakkının Başkanlığa geçeceği belirtilmektedir.
İrtifak hakkı sınırlı bir ayni hak olup 4721 sayılı Türk Medeni Kanununun 779 ve devamı maddelerinde düzenlenmiştir. Esas olarak özel mülkiyete konu taşınmazlar üzerinde bir başka taşınmaz veya kişi lehine tesis edilebilen irtifak hakkının kurulması için tapu kütüğüne tescil şarttır.
Anayasanın 43 üncü maddesi ile 3621 sayılı Kıyı Kanununun 5 inci maddesinde de; kıyıların Devletin hüküm ve tasarrufu altında, herkesin eşit ve serbest olarak yararlanmasına açık olduğu, kıyı ve sahil şeritlerinden yararlanmada öncelikle kamu yararının gözetileceği hüküm altına alındığından ve ayrıca bu yerler tapuya tescil edilemeyeceğinden, kıyıların özel mülkiyete konu hale getirilmesi ve kıyılarda gerçek veya özel hukuk tüzel kişileri lehine irtifak hakkı tesisi mümkün bulunmamaktadır.
Ayrıca, Maliye Bakanlığının teşkilat ve görevlerini düzenleyen 13.12.1983 tarihli ve 178 sayılı KHK'nin 13 üncü maddesinde;
Hazinenin özel mülkiyetinde ve Devletin hüküm ve tasarrufu altındaki taşınmazların yönetimine ilişkin hizmetlerin, gerektiğinde diğer kamu kurum ve kuruluşları ile işbirliği yaparak Maliye Bakanlığınca yürütüleceği hüküm altına alındığından, Maliye Bakanlığınca (Milli Emlak Genel Müdürlüğü) bu taşınmazların kiraya verilmesi işlemleri, 2886 sayılı Devlet İhale Kanununun "Kapsam" başlıklı l inci maddesi uyarınca, bu Kanunda belirtilen ihale yöntemleri ile yapılmaktadır.
Dolayısıyla 383 sayılı KHK'nin 10 uncu maddesinin (e) bendi, Anayasanın 43 üncü maddesi hükmüne, 4721 sayılı Türk Medeni Kanunu hükümlerine, kıyılarla ilgili özel düzenlemeyi içeren ve özel kanun olan 3621 sayılı Kıyı Kanununa ve ayrıca, Devlete ait taşınmazların idaresine ait usul ve esasları düzenleyen 178 sayılı Kanun Hükmünde Kararname hükümlerine uygun olmadığından yürürlükten kaldırılması gerekmektedir.
Ayrıca 383 sayılı KHK'nin 10 uncu maddesinin (c) bendinde yer alan "bu konuda ilgililere taşınmaz mal tahsisine" ibaresi, 13 üncü maddesinin (h) bendinde yer alan ",bu zonlar içinde bulunan planlarla fonksiyon getirilen kamu mülkiyetindeki alanların işletilmesini" ibaresi 178 sayılı KHK ile Maliye Bakanlığına verilmiş görevlerle mükerrerlik teşkil ettiğinden yürürlükten kaldırılmaktadır.
e) 28.12.2004 tarihli ve 5277 sayılı 2005 Mali Yılı Genel Bütçe Kanununun ilgili yerlerine taşınan hükümleri yürürlükten kaldırılmaktadır.
f) 5434 sayılı Kanunun bazı maddelerinde sonradan yapılan değişiklikler ya da Kanuna ilave edilen yeni maddeler sebebiyle uygulanma imkanı kalmadığı halde yürürlükten kaldırılmamış olan maddeler ile uygulanma süresi bitmiş olan maddelerin yürürlükten kaldırılarak uygulamadaki karışıklıkların önlenmesi amaçlanmaktadır.