(1) Müfettiş sıfatına ve yetkisine sahip olan Başkanın, 5 inci maddede yer alan görevlerin yürütülmesini sağlamaya yönelik görev ve yetkileri şunlardır:
a) Başkanlığı sevk ve idare etmek, yıllık çalışma programını hazırlamak ve Bakanın olurundan sonra uygulanmasını sağlamak, genel teftiş, özel teftiş, inceleme, ön inceleme, soruşturma ve araştırma işlerinde çalıştırılacak müfettişleri görevlendirmek ve çalışmalarını takip etmek.
b) Gerektiğinde bizzat genel teftiş, özel teftiş, inceleme, ön inceleme, soruşturma ve araştırma işlerini yürütmek.
c) Müfettişlerin çalışmalarını, iş verimlerini, görevlerine olan ilgilerini ve meslek gereğine göre hareket edip etmediklerini izlemek, gerekli gördüğü zamanlarda bu çalışmaları yerinde denetlemek.
ç) Müfettişlerce düzenlenen raporları incelemek veya inceletmek, varsa eksikliklerinin giderilmesini sağlamak, raporda belirtilen kanaate ilişkin görüş birliğine varılamadığı hallerde Başkanlık görüşünü eklemek; karar, onay, talimat ve benzeri uygulamaya ilişkin hususlar içeren raporları Bakanın oluruna sunmak, olura müteakip gereği için ilgili birimlere göndermek, bu birimlerce anılan raporlarla ilgili olarak yapılacak işlemleri izlemek.
d) Başkanlığın bütçe taslağının hazırlanması ve tahsis edilen bütçenin harcanmasına ilişkin iş ve işlemlerin usulüne uygun yürütülmesini sağlamak.
e) 10/12/2003 tarihli ve 5018 sayılı Kamu Malî Yönetimi ve Kontrol Kanununun 41 inci maddesi ile 15/7/2018 tarihli ve 30479 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan 5 sayılı Devlet Denetleme Kurulu Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 21 inci maddesinin altıncı fıkrasında istenilen faaliyet raporlarını hazırlamak.
f) Müfettiş yardımcıları giriş sınavının yapılmasını, yetiştirilmeleri için eğitim programları hazırlanmasını ve uygulanmasını, müfettiş yardımcılarına yetki verilmesini ve yeterlik sınavlarının yapılmasını sağlamak.
g) Müfettişleri meslekleri ile ilgili bilimsel çalışmalara özendirmek, bu amaçla yurt içinde ve dışında inceleme ve araştırmada bulunmalarını sağlamak; meslek, genel kültür ve yabancı dil bilgilerinin artırılması için hizmet içi eğitim, kurs, seminer ve toplantı gibi eğitim faaliyetleri tertip etmek, bu tür faaliyetlere katılmalarını sağlamak.
ğ) Uygulamada, müfettişler arasında mevzuatın farklı yorumlandığı hallerde, bu farklılığın giderilmesi için görüş ve uygulama birliğini sağlamak.
h) Görev alanına giren konularda, uygulamalarda ortaya çıkan mevzuat yetersizliği ve aksaklıklarla ilgili hususlarda inceleme ve araştırma yaptırarak, alınması gereken yasal ve idari tedbirler konusunda Bakana teklifte bulunmak.
ı) Başkanlığın tüm faaliyet alanına ilişkin uygulama birliğinin sağlanmasına yönelik rehber ve talimatların hazırlanmasını ve uygulanmasını sağlamak.
i) Yıllık izin taleplerini planlamak ve işleme koymak.
j) Müfettişlerin çalışma merkezlerini Bakan oluruyla saptamak.
k) Mevzuat ile verilen diğer görevleri ve Bakan tarafından verilecek benzeri görevleri yapmak.
(2) Başkan, Başkanlığın görevlerinin yerine getirilmesinden, mevzuat çerçevesinde Bakana karşı sorumludur.