Fonun görev ve yetkileri aşağıda belirtilmiştir:
a) (Değişik:RG-12/11/2011-28110) Fon gelirlerini toplamak ve yönergelerde belirlenen usul ve esaslara göre değerlendirmek,
b) Bakanlığın talebi üzerine veya ihtiyaç görüldüğünde Fon kaynaklarının yeterliliğini değerlendirerek, fon gelirlerinin oranlarının değiştirilmesi konusunda Bakanlığa öneride bulunmak,
c) İlgili yönetmeliklerde belirlenen esaslara göre verilen teminatları almak, teminatların doğruluğunu ve geçerliliğini araştırmak, alınan teminatların sağlam ve güvenli şekilde muhafazasını sağlamak ve teminat olarak gösterilen gayrimenkullerin değerini tespit etmek veya ettirmek,
d) Lisanslı depolarda muhafaza edilen ürünlere ilişkin fiyat hareketlerini takip ederek teminatların yeterliliği konusunda değerlendirme yapmak ve değerlendirme sonuçlarını Bakanlığa bildirmek,
e) (Değişik:RG-12/11/2011-28110) Nakit ve döviz teminatları, bu Yönetmelik ve yönergelerde belirlenen usul ve esaslara göre değerlendirmek,
f) Depoculuk lisansının iptali durumunda, Bakanlığın görüşünü alarak, lisanslı depo işletmesinin veya ilgili yönetmelik kapsamında teminat verenlerin yerine getirmesi gereken bir tazmin ve yükümlülüğün bulunmadığının tespiti sonucunda alınan teminatları iade etmek,
g) Lisanslı depo işletmesinin, Kanun ve mudiler ile yapacağı sözleşmede öngörülen yükümlülüklerini yerine getirmemesinden dolayı ortaya çıkan ve sigorta kapsamında karşılanamayan mudi zararlarını tazmin etmek ve bu amaçla lisanslı depo işletmesinin verdiği nakit ve nakde kolayca dönüştürülebilir teminatları paraya çevirmek; bu teminatların zararın tazminine yetmediği durumlarda kalan kısmı (Ek ibare:RG-12/11/2011-28110) ile sigorta mevzuatından kaynaklanan zorunlu muafiyetler nedeniyle sigorta kapsamında karşılanamayan zararları Fon kaynaklarından ödemek,
h) Fon kaynaklarından karşılanıp belirlenen sürede lisanslı depo işletmesi tarafından Fona yatırılmayan mudi zarar ödemelerini, teminat olarak verilen ipotekleri nakde çevirerek tahsil etmek,
ı) İlgili Yönetmelik çerçevesinde verilen görevleri yerine getirmek,
i) Alınan, süresi biten ve paraya çevrilen teminatlar ile mudi zararlarının karşılanması ve Fon ödemelerinin tahsili işlemlerinin sonuçlarını Bakanlığa bildirmek,
j) Fonun menfaatlerini ve varlıklarını koruyucu hukuki tedbirleri zamanında almak, süresi içinde ödenmeyen Fon alacaklarının; dava açmak dahil, adli ve idari merciler ile icra dairelerinde takibi, savunulması, çözümlenmesi ve tahsili amacıyla gerekli işlemleri yapmak,
k) Fon dışındaki alacaklılar tarafından yapılan takip sonucu iflas eden lisanslı depo işletmesinden olan Fon alacağının, iflas masasına imtiyazlı alacak olarak kaydedilmesini sağlamak,
l) Kanunun uygulanması ve lisanslı depoculuğun geliştirilmesi için; Bakanlık Makamı onayı çerçevesinde Bakanlıkça yapılacak talep veya Yönetim Kurulunun alacağı karar üzerine, ihtiyaç duyulan faaliyet, eğitim ve denetime ilişkin giderleri karşılamak,
m) Fonun faaliyetleri için gereksinim duyulacak araç, gereç ve malzeme ile gayrimenkulü satın almak veya kiralamak, ihtiyaç fazlasını elden çıkarmak, ihtiyaç duyduğu hizmetleri almak ve (Değişik ibare:RG-12/11/2011-28110) Yönergelerde belirlenen usul ve esaslara göre personel istihdam etmek,
n) Kanunda ve bu Yönetmelikte verilen diğer görevleri yerine getirmek ve yetkileri kullanmak.
(Ek fıkra:RG-18/1/2013-28532) Bakanlık, akdedilecek protokoller çerçevesinde, teknik bilgi ve uzmanlık isteyen konularda Fondan her türlü desteği alabilir ve işbirliğinde bulunabilir.