(1) Merkezin faaliyet alanları şunlardır:
a) Merkezin araştırma alanları ile ilgili bir anlayış birliği oluşturmak maksadıyla; ilgili mevzuat hükümleri kapsamında seminer, konferans, sertifika programı, kurs, hizmet içi eğitim programları gerçekleştirmek.
b) Askeri ataşe olarak görevlendirilecekler ile Birleşmiş Milletler (BM), Kuzey Atlantik Antlaşması Örgütü (NATO) ve benzeri örgütlerde yurt dışı sürekli görev veya yurt dışı geçici görev kapsamında görev yapacak personel için görev öncesi hazırlık eğitimlerinde Kıbrıs meselesi, Türk-Yunan ilişkileri, Doğu Akdeniz ve Ege Denizi deniz yetki alanları anlaşmazlıkları ile ilgili kapsamlı eğitimler sunmak.
c) Yurt içi ve yurt dışındaki benzer merkez, kurum ve kuruluşlarla iş birliğinde bulunmak.
ç) Stratejik seviyede millî savunma, güvenlik ve dış politika ihtiyaçlarına cevap verecek uluslararası düzeyde bilimsel çalışmalar ve yayınlar yapmak.
d) General/amiral ve üst düzey yönetici oryantasyon seminerinde Kıbrıs meselesi, Türk-Yunan ilişkileri, Doğu Akdeniz ve Ege Denizi deniz yetki alanları anlaşmazlıkları ile ilgili kapsamlı eğitimler sunmak.
e) Yurt dışında Kıbrıs meselesi, Türk-Yunan ilişkileri, Doğu Akdeniz ve Ege Denizi deniz yetki alanları anlaşmazlıkları konusunda yüksek lisans, doktora ve doktora sonrası çalışma yapmak isteyen kişilere eğitim imkânı sunmak.
f) Kıbrıs, Yunanistan, Ege-Doğu Akdeniz eksenli konuları ve Türk-Yunan ilişkilerini başlıca siyasi, ekonomik, ticari, tarihi, hukuki, güvenlik, savunma ve enerji jeopolitiği yönleriyle ele almak, Türkiye’nin ulusal hak ve menfaatlerini bilimsel temellerle hukuki zeminde ortaya koymak.
g) Güncel gelişmelerin yanı sıra Türkçe, İngilizce ve Yunanca başta olmak üzere yabancı dilde yayın yapan yazılı ve görsel basını takip etmek, Türkçe, İngilizce ve Yunanca dergi ve bülten gibi basılı yayın materyallerinin hazırlanması için gerekli çalışmaları yürütmek.
ğ) Ortaya koyulacak çalışmaları (makale, analiz, saha araştırması sonuçları ve benzeri) belirli zaman aralıklarında rapor, bülten, dergi olarak çıkararak Bakanlık, Üniversite ve ilgili kurumların istifadesine sunmak.
h) Üniversiteye bağlı akademik birimlerde ilgili mevzuat hükümleri kapsamında özel kurs ve seminer organize etmek.
ı) Kıbrıs meselesi, Türk-Yunan ilişkileri, Ege Denizi ve Doğu Akdeniz deniz yetki alanları anlaşmazlıkları ve benzeri konular üzerinde çalışan öğrenciler ile Bakanlık personeline kaynak ve danışmanlık desteği sağlamak.