(1) Başkanın görev ve yetkileri şunlardır:
a) Başkanlığı yönetmek, çalışmaları düzenlemek ve denetlemek.
b) Gerektiğinde bizzat teftiş, inceleme ve soruşturma yapmak.
c) Yıllık çalışma programını hazırlayarak en geç ilgili olduğu yılın başında yürürlüğe girecek şekilde Bakanın onayına sunmak, onaylanmış programların uygulanmasını ve gerektiğinde değiştirilmesini veya imza yetkileri düzenlemesi uyarınca verilen yetki çerçevesinde değişmesini sağlamak.
ç) Müfettiş ve müfettiş yardımcılarının çalışma merkezlerini Bakan onayıyla saptamak.
d) Müfettiş ve müfettiş yardımcılarını görevlendirmek, emirlerin uygulanışını izlemek ve çalışmalarını denetlemek.
e) Gerekmesi durumunda müfettiş ve yetkili müfettiş yardımcıları tarafından düzenlenen raporları incelemek veya görevlendireceği müfettiş ya da komisyon marifetiyle inceletmek, varsa eksikliklerinin giderilmesini ve Bakanlık imza yetkileri düzenlemesi doğrultusunda ilgili birimlere gönderilmesini sağlamak, bu birimlerce anılan raporlarla ilgili olarak yapılacak işlemleri izlemek, gerektiğinde bu konularda Bakana bilgi veya rapor vermek.
f) Mevzuat hazırlanmasıyla ilgili çalışmalar yapmak veya yaptırmak.
g) Mevzuat hükümlerine göre müfettişlerin başmüfettişliğe, yetişme dönemi sonunda yapılan yeterlik sınavında başarı gösteren müfettiş yardımcılarının müfettişliğe, yarışma sınavını kazanan adayların ise müfettiş yardımcılığına atanmaları için Bakana teklifte bulunmak.
ğ) Müfettiş ve müfettiş yardımcılarını meslekleri ile ilgili bilimsel çalışmalar yapmaya özendirmek, bu amaçla yurt içi ve dışında inceleme ve araştırma yapmalarını sağlamak, mesleki, genel kültür ve yabancı dil bilgilerinin artırılması yönünde; hizmet içi eğitim, kurs, seminer ve toplantılar düzenlemek, bu tür çalışmalara katılmalarını sağlamak.
h) Müfettiş yardımcılığı giriş sınavı ile yetki ve yeterlik sınavlarının yapılmasını ve yürütülmesini ve müfettiş yardımcılarının yetiştirilmesi için eğitim programlarının hazırlanmasını ve uygulanmasını sağlamak.
ı) Uygulamada, müfettiş ve müfettiş yardımcıları arasında mevzuatın farklı yorumlandığı hallerde, bu farklılığın giderilmesi için görüş ve uygulama birliğini sağlamak.
i) Başkanlığın tüm faaliyet alanına ilişkin uygulama birliğinin sağlanmasına yönelik rehber ve talimatların hazırlanmasını ve uygulanmasını sağlamak.
j) Görev alanına giren konularda, uygulamalarda ortaya çıkan mevzuat yetersizliği ve aksaklıklarla ilgili hususlarda inceleme ve araştırma yaptırarak, alınması gereken yasal ve idari tedbirler konusunda Bakana teklifte bulunmak.
k) Müfettiş ve müfettiş yardımcılarının çalışmalarını, iş verimlerini, görevlerine olan ilgilerini ve meslek gereğine göre hareket edip etmediklerini izlemek, gerekli gördüğü zamanlarda bu çalışmaları yerinde denetlemek.
l) Müfettiş ve yetkili müfettiş yardımcıları tarafından düzenlenen raporlardaki tespit, öneri ve talimatlardan dolayı müfettiş veya yetkili müfettiş yardımcısı ile denetlenen arasında uygulamadan kaynaklanan görüş ayrılıklarını gidermek ve bu durumdaki öneri ve talimatların nasıl uygulanacağını belirlemek.
m) Başkanlığın çalışmalarıyla ilgili yıllık faaliyet raporlarını ilgili yılı takip eden Ocak ayı içerisinde Devlet Denetleme Kuruluna göndermek.
n) Başkanlığa intikal eden ihbar, şikayet, bildirimler ile denetim sırasında ortaya çıkan ve gecikmesinde sakınca doğabilecek durumlar hakkında teftiş, inceleme veya soruşturma yapılıp yapılmayacağına dair karar verilebilmesi için ön araştırma yapmak üzere müfettiş görevlendirmek.
o) Bakan tarafından verilecek benzeri görevler ile mevzuatta yer verilen diğer görevleri yapmak.
(2) Başkan, görev ve yetkileri çerçevesinde kendisine yardımcı olmak üzere, yeter sayıda müfettişi Bakan onayı ile başkan yardımcısı olarak görevlendirebilir. Başkan yardımcıları görevlerinin yürütümünden dolayı Başkana karşı sorumludurlar.
(3) Başkan, bu Yönetmelik ve ilgili mevzuat gereğince kendisine verilen görev ve yetkilerden, Bakanlığın amaçlarını daha iyi gerçekleştirmesi, mevzuat, plan ve programlara uygun çalışmasını temin amacıyla tekliflerin hazırlanıp sunulmasından Bakana karşı sorumludur.