(Değişik:RG-17/11/2020-31307) Genel Kurul, bilimsel ve idarî konularda en yüksek karar organıdır. Genel Kurul; Enstitü Müdürü, Danışma Kurulu üyeleri, Anabilim Dalı Başkanları, TATK Genel Sekreteri ile Enstitü Müdürlüğünce, tarih ve askerî tarih alanlarında araştırmalar yapan ilgili kurum ve kuruluşların yetkili temsilcileri, tarih ve uluslararası ilişkiler alanında akademik unvana sahip ve akademik çalışmaları bulunan Millî Savunma Bakanlığı kadro ve kuruluşunda yer alan kurumlarda görevli personel (muvazzaf/emekli), askeri tarih alanında uzmanlaşmış öğretim üyeleri ile bu alanda araştırmalar yapmış, eserleri yayımlanmış ve temayüz etmiş uzman kişiler arasından seçilen sekiz üyeden oluşur.
(Değişik:RG-19/6/2012-28328) Genel Kurul üyelerinin görev süreleri (Değişik ibare:RG-17/11/2020-31307) üç yıldır. Üyeliğin herhangi bir nedenle sona ermesi halinde, eski üyenin kalan süresini tamamlamak üzere aynı usulle yeni üye seçilir. Süresi biten üyelerin yeniden seçilmeleri mümkündür.
(Değişik:RG-17/11/2020-31307) Genel Kurul senede en az bir defa toplanır. Gerekli görülmesi halinde Yürütme Kurulu kararı ve Komisyon Başkanının daveti üzerine olağanüstü toplantılar yapabilir. Yürütme Kurulu kararıyla Genel Kurul toplantıları bir sonraki seneye ertelenebilir.
Genel Kurul, ilgili kurum ve kuruluşların bildireceği temsilciler ile dışardan seçilecek üye sayısına göre salt çoğunlukla toplanır ve toplananların çoğunluğu ile karar alır. Genel Kurula Komisyon Başkanı başkanlık eder, Komisyon Başkanının yokluğunda bu görevi yardımcısı yürütür.
(Ek:RG-19/6/2012-28328) Genel Kurul üyesinin;
a) 657 sayılı Devlet Memurları Kanununun 48 inci maddesinde yer alan genel şartlardan herhangi birini taşımadığının sonradan anlaşılması veya üyeliği esnasında bu şartlardan herhangi birini kaybetmesi,
b) Bir siyasi partinin veya bir siyasi görüşü yansıtan kuruluşun üyesi olması,
c) Bir yıl ve daha fazla süre ile yurt dışı görevine atanması/gitmesi,
d) Vefatı,
e) Yürütme Kurulunda ortak karar alınması,
f) (Ek:RG-21/1/2017-29955) Terör örgütlerine veya Milli Güvenlik Kurulunca devletin güvenliğine karşı faaliyette bulunduğuna karar verilen yapı, oluşum veya gruplara üyeliği, mensubiyeti veya iltisakı yahut bunlarla irtibatı olduğunun tespit edilmesi,
halinde üyeliği sona erer.