Denetlenmesine karar verilen hesap ve işlemler, Birinci Başkan tarafından görevlendirilen denetçiler tarafından denetlenir. Bu denetimler, Sayıştay Kanununda ve ilgili diğer mevzuatta belirlenen inceleme ve denetleme esas ve usullerine göre öncelikle sonuçlandırılır.
(Ek ikinci fıkra:RG-03/06/2006-26157) Denetim talebine konu olan hesap ve işlemler daha önce Sayıştayca denetlenmiş ise bu denetim sonuçları öncelikle incelenir. Daha önce yapılan ve bir kurul ya da dairede karara bağlanmak suretiyle sonuçlanan denetimler, denetim talebini tamamen karşılıyorsa, o konuda yeniden denetim yapılmaz; denetim sonuçları Türkiye Büyük Millet Meclisine sunulacak rapora aynen alınır. Aksi takdirde konu, denetim talebini karşılayacak şekilde kısmen veya tamamen denetlenir.
(Ek üçüncü fıkra:RG-03/06/2006-26157) Denetim konusu yapılan hususlarda ilgili kişi ve/veya kurumların yazılı ya da sözlü görüş veya savunmaları alınır. Yazılı görüş ve savunmalar için ilgililere otuz güne kadar olmak üzere makul bir süre verilir. Sözlü olarak alınan görüş ve savunmalar bir tutanakla tespit edilir.